大規模データで困ったときに、まず図を描くことからはじめる生命科学データ解析

実験医学別冊 河野　暢明 羊土社ダイキボデータデコマッタトキニマズズヲカクコトカラハジメルセイメイカガクデータカイセキ コウノ　ノブアキ 発行年月：2025年07月04日 予約締切日：2025年07月03日 ページ数：349p サイズ：単行本 ISBN：9784758122825 河野暢明（コウノノブアキ） SFC（慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科／環境情報学部）准教授。2012年慶應義塾大学大学院政策・メディア研究科博士課程修了〔博士（学術）〕。日本学術振興会特別研究員（DC1、PD）、大阪大学大学院医学系研究科などを経て、’23年より現職。専門は合成生物学、バイオインフォマティクス、ゲノム科学。第18回山形県科学技術奨励賞、令和5年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞を受賞。山形県鶴岡市にある慶應義塾大学鶴岡タウンキャンパスにて研究室を主宰。枯草菌・大腸菌から変形菌、アリ、クモまで多様な生物を対象に、Wet／Dryを融合したアプローチで生命機能の解明と応用に取り組む（本データはこの書籍が刊行された当時に掲載されていたものです） 第1部　生命科学データ別にファーストアクションを学ぶ（ゲノム／トランスクリプトーム／メタゲノム／16S　rRNAアンプリコンシークエンスデータ／ChIP（クロマチン免疫沈降）ーseq／HiーCデータ／シングルセルトランスクリプトームー公開データとの統合・比較解析／プロテオームー網羅的なタンパク質解析と図表作成・データ登録／顕微鏡データーデジタルスティニングによる細胞核の可視化と形態解析／高速原子間カ顕微鏡（AFM）データ）／第2部　LLMとの対話を通じて理想のデータビジュアルをつくる（データから適切なグラフを選ぶ方法／環状ゲノムマップ　Circosを用いた作成方法／ヒートマップ／主成分分析（PCA）／注釈付き系統樹／ChIP（クロマチン免疫沈降）ーseqピーク解析／UMAP・Trajectory解析ーシングルセルRNAーseqデータの描画／MAプロット・VolcanoプロットーRStudioを使用した遺伝子発現変動を示す図の描き方） 膨大なデータは「図」という形で結晶化されてこそ、理解への礎となる。 本 科学・技術 生物学 医学・薬学・看護学・歯科学 基礎医学 生命科学